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체포와 순국
1909년 8월 임실 전투에서 패하자 정재는 의진을 해산한 뒤 잠행 유랑하던 중 1912년 겨울 임실군 성수면 삼청리에서 한인형사인 김대형에게 피체되어 혹독한 고문을 당한 후 살인, 방화, 강도 등의 죄목으로 기소되었다. 1914년 1월 12일에 전주지방법원에서 사형 선고를 받고 그해 4월 대구에서 교수형을 받아 순국(당시 37세)하였다. 1962년 건국훈장 국민장이 추서되었다. 이석용은 전주지방법원에서 공판을 받을 때, 거의의 목적을 '일인을 배척하기 위해서'라고 밝혔으며, 일본의 신민이 되지 않겠냐는 질문에 '차라리 대한의 닭이나 개가 될지언정 너희 나라 신민이 되기를 원치 않는다.'고 했다 한다. 또한 정재는 재판정에서 원수에 대해 경의를 표할 수 없으므로 기립할 수 없다고 끝까지 꿋꿋한 기개를 굽히지 않고 사형 선고를 받았다. 이러한 정재의 반일의식과 애국의지를 기리기 위해 비밀리에 성수면 삼봉리에 유허비가 세워졌으나 일제에 발각되어 비는 파괴되고 정재의 아들 원영은 2년간 옥고를 치루었다.